De los sucesivos retablos mayores que tuvo el templo han quedado restos de escultura de los realizados: En 1628; los cinco bajorrelieves obra de los escultores Juan Imberto y Diego Alonso. Y en 1776; las imágenes de la Anunciación, S. Juan y S. Lucas, S. Bernardo y Sta. Gertrudis, obra de Felipe Durán. Esculturas actualmente diseminadas entre la Iglesia de S. Juan de Carbonero, Museo Episcopal y Monasterio de S. Vicente el Real. Entre 1783 y 1785, se realizan dos retablos secundarios, el de la Virgen del Rosario y S. Esteban, cuyas imágenes fueron realizadas por Joaquin Dumandré, director escultor de los Reales Sitios, hoy en el Museo Episcopal.